Es el Órgano Superior de Dirección del CENTA y esta conformado por representantes de instituciones públicas y privadas relacionadas al desarrollo de ciencia y tecnología agropecuaria. El Ministro de Agricultura y Ganadería o su representante, es el Presidente de la Junta Directiva y representante legal del CENTA.

De izquierda a derecha (sentados): De izquierda a derecha (de pie):
Dra. Erlinda  Hándal Vega
Propietaria Viceministerio de Ciencia y Tecnología
Ing. Bladimir Aly Henríquez
Propietario Banco Central de Reserva
Lic. Orestes Fredesman Ortéz Andrade
Presidente y Ministro de Agricultura y Ganadería
Ing. Romeo Gustavo Chiquillo Escobar
Propietario, Gremiales del Sector Productivo Agropecuario y Forestal
Ing. Santos Rafael Alemán
Secretario y Director Ejecutivo del CENTA
Ing. José Abilio Orellana Zelaya
Propietario Sociedad de Ingenieros Agrónomos de El Salvador
Sra. María Margoth Arias de Cartagena
Propietaria  Asociación Cooperativas y de las Asociaciones de Pequeños Productores
Ing. Éver Zelayandía
Propietario Sociedad de Agrónomos de El Salvador
Ing. Juan Rosa Quintanilla
Propietario Universidades acreditadas en El Salvador
Ausentes:
Inga. Ana Lilian Vega Trejo
Propietaria  Presidenta del Banco de Fomento Agropecuario
Dr. Oscar René Hernández
Propietario Ministerio de Relaciones Exteriores