El Laboratorio de Química Agrícola del CENTA tiene como objetivo la realización de análisis fisicoquímicos, bromatológicos y de diversos atributos de calidad en productos agrícolas nacionales y sus derivados: frutos, granos, material vegetativo, alimento humano y animal, abonos orgánicos,  fertilizantes y aguas para riego.

Se llevan a cabo los análisis químicos requeridos en las investigaciones, experimentos prácticos y trabajos de carácter científico, tecnológico y técnico de las diferentes unidades de la institución, que responden y contribuyen al sector agropecuario nacional.

En el Laboratorio, además de contar con los equipos, procedimientos y condiciones controladas y estandarizadas, trabaja un equipo de profesionales multidisciplinario, con conocimientos científicos y experiencia en el ramo que lo llevan a cumplir su misión que es: apoyar y fortalecer la investigación, extensión agropecuaria y forestal, en beneficio de la agricultura familiar.

Los químicos del laboratorio trabajan en protocolos de investigación y mejoran constantemente la capacidad de atención a los usuarios, tanto internos como externos, validando nuevas metodologías e incorporando nuevos instrumentos y equipos de análisis, que posicionan al laboratorio por la fiabilidad y garantía de sus resultados.

El Laboratorio de Química Agrícola también hace un aporte académico a las universidades e instituciones de educación superior capacitando a estudiantes de horas sociales, brindando apoyo a trabajos de graduación y atendiendo visitas técnicas de estudiantes de diversas instituciones.